本研究では、既に過去の研究で復元した共通祖先型タンパク質のpH安定性に着目した。すなわち、真正細菌共通祖先型、あるいは、古細菌共通祖先型ヌクレオシドニリン酸キナーゼ（NDK）と、真正細菌共通祖先型、あるいは、古細菌共通祖先型リボソームタンパク質S8それぞれのpH4.5、7.0、9.5の緩衝液中での熱変性温度を測定した。さらに、現存の好酸性生物、好中性生物、好アルカリ性生物のNDKとS8の熱変性温度も同じpHで測定し、祖先型タンパク質のpHごとの変性温度と比較した。その結果、祖先型タンパク質は酸性では相対的に不安定であり、耐アルカリ性が高い傾向が観察された。