力発生、エネルギー変換、電子伝達制御を行う分子マシンの長時間分子動力学シミュレーションを実施し、分子内部のクーロン結合ネットワークの大規模かつ協奏的な組換えがもたらす「誘電アロステリー」（Sato, Ohnuki, Takano, J. Phys. Chem. B, 2016）と「圧電アロステリー」（Ohnuki, Sato, Takano, Phys. Rev. E, 2016）の観点からそれぞれの分子マシンの動作機構の研究を行った。生体内での高エネルギー電子の伝達を制御する分子マシン（cytochrome P450 reductase）の大規模分子動力学シミュレーションにより、分子マシンにおける酸化還元状態と構造状態のカップリングを明らかにし、分子内の電子供与･受容部位の荷電状態変化によって誘起される誘電アロステリーを見出した。